La mise en oeuvre de la démarche Natura 2000 se déroule en 3 grandes étapes.
1. La désignation des sites
Une procédure menée par le préfet
Le projet de création de chaque site est établi par le préfet concerné qui organise une concertation locale.
Ainsi, le préfet soumet la proposition de périmètre du site et un dossier de motivation sur des bases scientifiques aux communes et aux établissements publics de coopération intercommunale (EPCI).
Les conseils municipaux et les organes délibérants des établissements publics doivent alors émettre un avis motivé, favorable ou non.
Enfin le préfet établit une synthèse de proposition du site qu’il transmet au ministre en charge de l'environnement.
Le Muséum National d'Histoire Naturelle : une garantie scientifique
Le muséum national d’histoire naturelle procède à l’expertise scientifique du dossier. Si la proposition est retenue par le ministère en charge de l’environnement, elle fera alors l’objet d’une validation par les autres ministères concernés (agriculture, équipement, mer, défense...).
Une procédure de désignation différente selon les directives européennes
La grande majorité des sites français terrestres a déjà été désigné, certains depuis plus de 10 ans. Le réseau est donc considéré comme stabilisé et les efforts se portent sur la gestion.
Une démarche est cependant en cours pour désigner des sites Natura 2000 en mer.
2. L'élaboration du DOCument d'OBjectifs, plan de gestion d'un site Natura 2000
Une fois qu'un site est désigné au titre de Natura 2000, un plan de gestion, le DOCument d'OBjectifs (DOCOB) doit être rédigé : il s'agit de la phase d'élaboration du DOCOB. Ce document est rédigé par un opérateur Natura 2000 désigné par le comité de pilotage, assemblée représentative des acteurs locaux.
Cette phase dure généralement 2 ans. Elle est effectuée en concertation avec l'ensemble des acteurs et chaque étape est validée par le comité de pilotage.
Rq : la phase d'élaboration peut démarrer plusieurs années après la désignation d'un site Natura 2000...
3. La mise en oeuvre du DOCOB : l'animation Natura 2000
Afin de mettre en oeuvre effectivement les actions définies dans le DOCOB et de faire vivre le site Natura 2000, une phase d'animation est lancée. Elle est menée par un animateur Natura 2000, là-encore désigné par le comité de pilotage.
L'animation Natura 2000 comprend plusieurs missions :
- communiquer et sensibiliser les acteurs aux enjeux du site Natura 2000;
- mettre en oeuvre des actions de restauration et de gestion permettant d'atteindre les objectifs du DOCOB et de préserver les habitats et espèces Natura 2000. Pour réaliser ces opérations, l'animateur propose des outils contractuels (contrats et charte Natura2000) aux gestionnaires;
- accompagner les porteurs de projets afin d'adapter leurs projets aux enjeux du site;
- mettre en place des suivis scientifiques permettant d'évaluer l'efficacité des actions.
Cette phase dure 3 ans et est renouvelable.